Каков порядок зачета авансовых счетов-фактур?

Добрый день, уважаемые коллеги. Суть моего вопроса. Фирма на ОСНО, поставщик, заключили с покупателем 1 договор, согласно которому продаем товар и выставляем транспортные расходы. В 4кв 2019г от покупателя заходит в один день две оплаты, пл.п 218 "За транспортные услуги", пл.п 219 "За товар".  Сч/ф на аванс нами выставлены, эти оплаты отражены в книге продаж. Через неделю мы создаем реализацию, но только товара! за транспорт аванс остается и переходит на следующий квартал. В книге продаж мы отражаем накладные на реализацию, а в книге покупок происходит зачет аванса, НО, т.к. деньги пришли сперва за транспорт, то идет зачет платежки за транспорт.
Приходит от налоговой требование сдать уточненку, т.к. покупатель показывает у себя в книге покупок возмещение за товар, и у нас якобы некорректно произошел зачет аванса, но программа так настроена, что она делает зачет более ранней оплаты.
Может кто сможет пояснить, кто неправ в данной ситуации, мы или налоговая, которая требует сдать уточненку (хотя понимаю, что спорить с ними себе дороже). 
Заранее спасибо.